Se conoce que un tercio de las introducciones de especies invasoras en el medio acuático se debe a los intercambios de aguas de lastre. Para prevenir la transferencia de organismos a través del agua de lastre, la Organización Marítima Internacional (IMO) adoptó el Convenio Internacional para el Control y la Gestión del Agua de Lastre y los Sedimentos de los Buques en 2004. La desinfección con ozono fue reconocida por la IMO para el tratamiento de aguas de lastre. El objetivo de este estudio es evaluar la eficacia de desinfección del tratamiento discontinuo de ozonización sobre los organismos bacterianos Enterococcus faecalis y Vibrio alginolyticus y comprobar si la sinergia entre ozono y peróxido de hidrógeno, así como ozono y peroximonosulfato demostrada hasta el momento, se observa en la inactivación de estos microorganismos tanto en agua destilada como en agua marina en método discontinuo. Las curvas de inactivación obtenidas mediante ozono para E. faecalis y V. alginolyticus presenta una gran tasa de inactivación hasta los 30 segundos, y partir de éstos la tasa de inactivación no es significativa en agua destilada, a diferencia que en agua marina. La aplicación de concentraciones de ozono de 0,3 mg/L en agua destilada y 0,7 mg/L en agua marina permite la reducción de 4 unidades logarítmicas de E. faecalis en menos de 4 minutos. En cuanto a V. alginolyticus en agua marina, es suficiente con 0,6 mg/L de ozono y aproximadamente 3 minutos. Esto demuestra, la mayor resistencia al tratamiento de E. faecalis (Gram-positiva) respecto a V. alginolyticus (Gram-negativa). Se observó que la combinación de ozono junto peróxido de hidrógeno o peroximonosulfato no generó una mejoría en el tratamiento. A partir de los tratamientos propuestos en este estudio mediante ozono se podrían tratar aguas de lastre con concentraciones hasta de 3,7·106 UFC/100 mL de E. faecalis y 4,25·104 UFC/100 mL de V. alginolyticus, cumpliendo con las limitaciones de vertidos que indica el Convenio de Aguas de lastre.