RESUMEN: El sector de la salud tanto en Colombia como en la mayoría de los países de Latinoamérica enfrenta una serie de cambios que obligan a que sea competitivo y rentable. Por lo tanto, es imperativo contar dentro del análisis financiero de dicho sector con herramientas que permitan medir de forma adecuada el costo real de la prestación de cada uno de los servicios. El presente trabajo describe la metodología para implementar el sistema de costeo Basado en Actividades en entidades de salud, combinándolo dentro de su desarrollo con elementos del costeo por protocolos; detallando cada una de las fases que componen el montaje y los resultados esperados. Esta metodología ha sido aplicada en Colombia en hospitales de segundo y tercer nivel de complejidad. El entorno al que hoy se enfrentan las empresas es radicalmente diferente al de hace algunos años. La propuesta de mejoramiento continuo, calidad, competitividad y eficiencia sobre la cual se establece la Gerencia Estratégica de costos deben incorporarse a las empresas de este sector, para hacer de ellas verdaderas organizaciones y mejorar su proyección a la sociedad, su rentabilidad, su crecimiento y su participación en el mercado y es imperativo considerar estrategias de que permitan a la empresa adaptarse al nuevo entorno.