RESUMEN : El objetivo de la investigación fue evaluar la presencia de Cryptosporidium spp. y Giardia spp. en aguas crudas y tratadas en las zonas rurales del Área Metropolitana del Valle de Aburrá. Para esto se tomaron 240 muestras de aguas tratadas y 120 de agua cruda en 20 acueductos rurales ubicados en los diez municipios del Área Metropolitana del Valle de Aburrá (dos acueductos por municipio), durante los meses de junio de 2019 y septiembre de 2021. Estas muestras fueron procesadas por medio de la técnica filtración-elusión-inmunoconcentración-tinción, de acuerdo con lo establecido en la EPA 1623.1. En los acueductos seleccionados en las zonas rurales de los 10 municipios del Área Metropolitana del Valle de Aburrá se encontró que se tienen implementados solo algunos procesos de tratamiento de aguas. Se comprobó que, en el agua tratada, nueve de los 20 acueductos muestreados tenían presencia de Cryptosporidium spp. y en las bocatomas se encontró que 12 de los 20 puntos analizados tenían presencia de Cryptosporidium spp. También se encontró que en nueve de los 20 acueductos muestreados había presencia de Giardia spp., y en las bocatomas se encontró que 15 de los 20 puntos analizados tenían presencia de Giardia spp.