Las variaciones espaciotemporales en la estructura de las asociaciones de especies de peces en la ciénaga de Ayapel (Colombia), fueron estudiadas durante el periodo hidrológico 2004-2005. Se capturaron 46 especies, de las cuales, Cyphocharax magdalenae, Roeboides dayi y el género Astyanax fueron las más abundantes y frecuentes. Los resultados mostraron una relación significativa entre las características ambientales de la ciénaga de Ayapel y las asociaciones de especies. Los cambios en la conformación de las asociaciones fueron más evidentes entre periodos climáticos que entre ambientes. A pesar de la fuerte influencia de la temporalidad climática en la estructura de las asociaciones, el pulso de inundación del río San Jorge, no fue definitivo en estos cambios y si, la hidrología de la cuenca local.Time and spatial changes in fish assemblage structure in Ayapel floodplain lagoon (Colombia), were observed during the hydrological cycle 2004-2005. Forty six species were captured. Cyphocharax magdalenae, Roeboides dayi and individuals of the genus Astyanax were the most abundant in number of individuals and the most frequent results showed a significant relationship between environmental characteristics of Ayapel floodplain and species assemblage. Changes in fish assemblage structure were defined by hydrological time changes more than spatial ones. Although hydrological time changes were important to fish assemblage, the hydrology of the local basin was more important than the San Jorge river floodplain pulse.