Introdução: O microbioma humano, composto por uma comunidade complexa de microrganismos e seus produtos metabólicos, desempenha um papel crucial na manutenção da saúde e pode contribuir para o desenvolvimento de doenças quando em desequilíbrio (disbiose). A utilização cada vez mais frequente de antibióticos tem favorecido a emergência de bactérias resistentes, representando um grande desafio para a saúde pública. Neste contexto, o estudo do resistoma antibiótico, definido como o conjunto de genes de resistência a antibióticos (ARGs) presentes no microbioma, é fundamental para compreender a resistência antimicrobiana, as suas implicações clínicas e para orientar o desenvolvimento de estratégias inovadoras de prevenção e tratamento. Objetivo: O objetivo desta revisão foi integrar o conhecimento atual sobre a composição e heterogeneidade do resistoma humano, os fatores que influenciam a sua evolução e disseminação, bem como a sua estreita relação com o microbioma. Métodos: Esta revisão narrativa foi realizada com base numa pesquisa bibliográfica nas bases de dados PubMed, Scopus e Web of Science, utilizando diversas palavras-chave, entre as quais: microbioma humano, resistoma humano, ARG, e next-generation sequencing. Foram considerados predominantemente artigos científicos publicados a partir de 2015. Conclusão: Os avanços recentes em sequenciação, metagenómica e bioinformática têm vindo a proporcionar uma caracterização mais precisa e abrangente do resistoma humano. A diversidade microbiana funciona como um fator protetor contra a colonização por patogénios resistentes, responsáveis por infeções nosocomiais. Estratégias de medicina personalizada, baseadas no perfil do resistoma e do microbioma de cada paciente, poderão otimizar o uso de antibióticos e limitar o surgimento de resistências.

Introduction: The human microbiome, composed of a complex community of microorganisms and their metabolic products, plays a crucial role in maintaining health and can contribute to the development of diseases when in imbalance (dysbiosis). The increasingly frequent use of antibiotics has favoured the emergence of resistant bacteria, posing a major challenge to public health. In this context, the study of the antibiotic resistome, defined as the set of antibiotic resistance genes (ARGs) present in the microbiome, is essential for understanding antimicrobial resistance, its clinical implications and to guide the development of innovative prevention and treatment strategies. Objectives: The aim of this review was to integrate current knowledge on the composition and heterogeneity of the human resistome, the factors influencing its evolution and dissemination, as well as its close relationship with the microbiome. Methods: This narrative review was conducted based on a bibliographic search in the PubMed, Scopus, and Web of Science databases, using several keywords, including: human microbiome, human resistome, ARG, and next-generation sequencing. Predominantly scientific articles published since 2015 were considered. Conclusion: Recent advances in sequencing, metagenomics, and bioinformatics have enabled a more precise and comprehensive characterization of the human resistome. Microbial diversity acts as a protective factor against colonisation by resistant pathogens, which are responsible for nosocomial infections. Personalised medicine strategies, based on the resistome and microbiome profile of each patient, could optimise the use of antibiotics and limit the emergence of resistance.