O microbioma oral pode ser definido como a comunidade de microrganismos que pode incluir bactérias, fungos, protozoários e archaea, mas também vírus, e que colonizam a cavidade oral, e esses microrganismos integram biofilmes complexos e interdependentes que desempenham uma importante função fisiológica. O microbioma oral tem, portanto, um papel fundamental na manutenção de um ambiente oral saudável e um estado de eubiose, de equilíbrio, e que contribui para a homeostasia do hospedeiro. Qualquer alteração na composição e diversidade deste microbioma, normalmente pela integração de microrganismos patogénicos, pode levar a um estado de desequilíbrio, de disbiose, associado a um estado de patologia/doença. O estudo dos microbiomas tornou-se possível e intensificou-se devido ao avanço das metodologias moleculares de sequenciação e ao aparecimento da metagenómica. A intensificação de estudos de metagenómica sobre o microbioma oral, evidenciou que o microbioma oral tem um papel importante em diversas patologias, que não só as doenças orais. De facto, a cavidade oral é uma porta de entrada para os sistemas respiratório e digestivo, e a sua elevada vascularização permite o contacto constante com os outros microbiomas do corpo humano. Assim, alterações no microbioma oral estão diretamente ligadas ao desenvolvimento de doenças orais comuns, tais como periodontite, gengivite e cárie dentária, mas podem também levar ao desenvolvimento de outras doenças sistémicas, afetando diferentes partes do corpo. O objetivo desta revisão narrativa foi avaliar a influência do microbioma oral em determinadas doenças orais e gastrointestinais. Em particular, foi abordado o papel do microbioma oral nas seguintes doenças orais e esofágicas: cárie dentária, doença periodontal, peri-implantite, cancros orais, cancros esofágicos, esófago de Barret, e refluxo gastroesofágico. Para isso, foi feita uma pesquisa bibliográfica nas bases de dados PubMed, Scopus e Web of Science, tendo sido considerados artigos científicos publicados entre 2009 e 2023.