O microbioma gastrointestinal caracteriza-se como o conjunto de microrganismos que habitam o trato gastrointestinal, sendo considerado um componente integral do sistema digestivo. Apesar da sua constituição ser composta por bactérias, fungos, protozoários e vírus, a presente dissertação aborda apenas a componente bacteriana, pela representatividade e pelos benefícios que oferecem ao hospedeiro. Nos cães e gatos saudáveis, os filos predominantes são Fusobacteria, Bacterioidetes, Firmicutes, Proteobacteria e Actinobacteria. O microbioma canino e felino tem uma constituição semelhante, apesar da possibilidade de variação interindividual devido a numerosos fatores tanto endógenos como exógenos. A saúde dos animais de companhia está interligada com a sua composição microbiana, a qual se encontra alterada em diferentes doenças gastrointestinais, tais como em linfoma e doença inflamatória intestinal (IBD). Nestas enteropatias ocorre uma alteração da composição microbiana, sendo que o seu estudo é essencial para que no futuro seja possível utilizar esta informação na modulação do tratamento, adaptado às alterações características de cada doença ou indivíduo tal como na determinação do prognóstico. Na presente dissertação, pretende-se efetuar uma revisão, de forma sumária, sobre o microbioma bacteriano em cães e gatos, relativamente ao conhecimento atual sobre composição e funções, bem como as principais técnicas de avaliação. A influência e alterações do microbioma na doença gastrointestinal, em particular na doença inflamatória intestinal e no linfoma alimentar serão adicionalmente abordados.