O microbioma intestinal humano (MIH) consiste numa elevada diversidade de microrganismos e genes, que interagem entre si, com as restantes células do hospedeiro e com tudo aquilo que passa pelo intestino, incluindo medicamentos. A composição do MIH tanto pode ser influenciada por alguns medicamentos, tal como pode desempenhar um papel fundamental no metabolismo dos mesmos. A variabilidade inter- e intra-individual do MIH tem dificultado a compreensão do seu impacto na ação dos medicamentos. Contudo, na literatura atual há alguns exemplos bem documentados do impacto do MIH em algumas classes de medicamentos que importa conhecer. Neste contexto, o principal objetivo deste trabalho foi descrever o modo como o MIH pode interferir nos medicamentos, em particular ao nível da farmacocinética, mecanismo de ação e segurança. O objetivo secundário consistiu em analisar o impacto de alguns medicamentos, probióticos e prebióticos na composição do MIH. Para a elaboração desta dissertação, foram analisados cerca de 53 artigos publicados entre 2015 e 2020, nas seguintes bases de dados: PubMed, ScienceDirect, NCBI e Cochrane Library. O MIH interfere na ação de diversas classes terapêuticas, tendo demonstrado que as enzimas microbianas metabolizam medicamentos diretamente no TGI, através de reações bioquímicas, que desencadeiam: 1) transformação de pró-fármacos em fármacos ativos, como a sulfassalazina que é convertida em ácido 5-aminosalicílico por ação de azoredutases; 2) convertem fármacos ativos em compostos inativos, tal como a digoxina que é convertida em dihidrodigoxina por ação do operão cgr presente em Eggerthella lenta; 3) formação de metabolitos tóxicos, como o irinotecano que é convertido no seu metabolito ativo SN-38 por ação de β-glucuronidases, tornando-o enterotóxico. Concluindo, a compreensão da interação entre o MIH e os medicamentos é um processo que permitirá otimizar a eficácia dos medicamentos sem comprometer a sua segurança. Os resultados destas investigações terão importantes implicações para a atividade médica e farmacêutica.