Objetivo: Avaliar a atividade enzimática da fosfatase alcalina e da aspartato aminotransferase como biomarcadores para o diagnóstico precoce da peri-implantite. Materiais e Métodos: Estudo experimental realizado em 22 pacientes (n=22) que compareceram na Clínica Universitária Egas Moniz. Os participantes foram divididos em quatro grupos: grupo controlo incluindo pacientes com implantes saudáveis (n=5), grupo com pacientes com peri-implantite mas com saúde periodontal (n=7), grupo com pacientes com peri-implantite e com doença periodontal (n=7) e um grupo de pacientes com implantes saudáveis mas com doença periodontal (n=3). Foi efetuada a recolha do líquido crevicular com cones de papel esterilizados e determinada a atividade enzimática da fosfatase alcalina (ALP) e da aspartato aminotransferase (AST) por espectrofotometria. Foi também avaliado o perfil proteico por eletroforese 1D (SDSPAGE). Resultados: A atividade enzimática da ALP foi maior nos pacientes com peri-implantite e com doença periodontal (0,089±0,02 U/ml) e menor nos pacientes com implantes saudáveis (0,021±0,02 U/ml) embora sem uma diferença estatisticamente significativa (p=0,075). A atividade da AST, tal como observado na ALP, foi maior nos pacientes com peri-implantite e com doença periodontal (1,79±0,7 U/ml) e menor nos pacientes com implantes saudáveis (0,45±0,3 U/ml), (p=0,167). O perfil proteómico, das amostras reunidas por grupo, revelou diferenças na intensidade de algumas bandas das amostras com doença em relação às do grupo das amostras com implantes saudáveis. Conclusões: O aumento da atividade enzimática da ALP e AST na presença de doença peri-implantar sem significado estatístico, aponta para a necessidade de avaliar as amostras por grau de severidade da doença antes de concluir sobre a sua utilidade no diagnóstico. O perfil de proteínas mostrou algumas diferenças promissoras entre a amostra saudável e as amostras com doença que poderão ser exploradas na tentativa de encontrar um biomarcador específico.