O microbioma humano é o conjunto dos microrganismos presentes no organismo, sendo estes microrganismos caracterizados através da análise qualitativa do seu genoma. O desenvolvimento de técnicas analíticas inovadoras permitiu a identificação e compreensão das funções do microbioma humano. Este desempenha importantes funções metabólicas e influencia o funcionamento do sistema imunitário. O microbioma tem uma grande diversidade interpessoal, dependendo de fatores como a dieta, a genética ou a localização geográfica. Existe também uma considerável diversidade intrapessoal, verificando-se uma forte influência da localização anatómica e uma variação associada à idade do indivíduo. O trato gastrointestinal, a pele e a vagina são os locais anatómicos mais bem estudados nesta área. A compreensão mais aprofundada do papel do microbioma permitiu criar ligações entre a sua disfunção e determinadas patologias. O cancro, infeção pelo VIH, doenças inflamatórias intestinais, (onde se incluem a doença de Crohn e a colite ulcerativa) obesidade e diabetes (tipo 1 e 2) são doenças com uma influência significativa dos microrganismos presentes no ser humano. A sua associação a estas patologias permitirá compreender melhor a sua patogénese e também a exploração de novas abordagens terapêuticas, tornando o microbioma um alvo terapêutico com crescente relevância.