A Paratuberculose é de uma doença crónica, de difícil diagnóstico, causadora de importantes perdas económicas. Por haver suspeita da sua presença nos efectivos ovinos da região da Serra da Estrela, é fundamental estabelecer um protocolo de diagnóstico rápido, eficaz e fiável, de modo a poderem ser identificados os rebanhos portadores de casos de doença e, posteriormente, elaborar-se um plano que permita o seu controlo. Este trabalho consistiu na aplicação de métodos de diagnóstico anatomopatológicos a 34 animais previamente submetidos a dois testes serológicos, ELISA e AGID, aos quais foi realizada a necrópsia. Assim, foram contemplados vários parâmetros de diagnóstico que incluíram a observação do hábito externo antes da realização da necrópsia, necrópsia, exame histopatológico, método de coloração de Ziehl-Neelsen, bem como o método de Imunohistoquímica, cujos resultados se apresentam. Teve como objectivo o estudo anátomopatológico de uma amostragem de animais soropositivos, negativos e duvidosos, de modo a avaliar o padrão lesional macro e microscópico, a presença de bactérias álcool-ácido-resistentes na coloração de Ziehl-Neelsen, bem como a marcação com o anticorpo anti-MAP, de modo a comparar estes resultados com os da serologia e assim contribuir para o objectivo último de estabelecer um protocolo de diagnóstico rápido, eficaz. Dos trinta e quatro animais enviados para necrópsia, verificou-se que os mesmos apresentaram reacção positiva ao ELISA em dezasseis casos, duvidoso num e foi negativo em doze animais. O AGID foi positivo apenas em quatro animais, e negativa em vinte e seis animais. O exame do hábito externo foi compatível em vinte e sete animais e não compatível em seis animais. O exame macroscópico foi compatível em vinte e oito animais e foi não compatível em três animais. A histopatologia foi compatível em vinte e um animais e foi não compatível em dez animais. Na coloração de Ziehl-Neelsen observaram-se bactérias álcool-ácido resistentes em dezoito animais e não se observaram bactérias álcool-ácido resistentes em treze animais. Na imunohistoquímica dois animais foram positivos.