Sabemos hoje, com base em estudos científicos feitos desde meados do século passado, que os microrganismos estão presentes e todos os ambientes que nos rodeiam e em quase todos os lugares concebíveis do nosso planeta. A esta grande variedade de ambientes corresponde um grupo muito heterogéneo de seres que apresenta uma enorme diversidade metabólica. Os vários sistemas de classificação dos organismos celulares, ate a década de 90, apresentam pouca clareza e correcção na ordenação dos microrganismos. A árvore filogenética proposta por Woese et al. (1990), que divide os seres celulares em três domínios Bacteria, Archaea, Eucarya, veio fornecer um modo mais completo e natural de classificação dos organismos celulares e, em particular, dos microrganismos. Atendendo as diferentes fontes de energia e de carbono e à natureza do dador de electrões ou de átomos de hidrogénio, podem classificar-se os organismos celulares em vários tipos nutricionais. Uma certa monotonia nos seres superiores que pertencem basicamente a dois tipos nutricionais, as plantas são foto-autotróficas, os animais são ornoquímio-heterotróficos, contrasta com uma enorme variedade nos microrganismos. Estes, para além de poderem pertencer a dois tipos já referidos, podem ainda ser foto-hetetotróficos, litoquímio-autotróficos, litoquímio-heterotróficos, orgnoquímio-autotróficos. Esta enorme diversidade e viabilizada por alguns processos e vias metabólicas que só existem nos microrganismos. Estes seres conseguem desenvolver processos bioquímicos e viabilizar a vida em ambientes outrora considerados com incapazes de a manter. Todas estas actividades dos microrganismos são fundamentais para o funcionamento dos ciclos biogeoquímicos e sem eles a vida no nosso planeta não seria possível.