As espécies não-indígenas (ENI) são consideradas como sendo um problema prioritário nos ecossistemas e na biodiversidade a nível global. A principal peça de legislação europeia na questão das águas e sua gestão – a Directiva Quadro de Água (DQA) – tem como principal objectivo atingir um bom estado ecológico para todas as massas de água. As ENI podem ser consideradas como sendo uma pressão antropogénica nas diversas massas de água, e assim sendo, fazem aumentar o risco do principal objectivo desta legislação não ser cumprido. Foi recolhida e compilada toda a informação disponível sobre ENI no Parque Natural da Ria Formosa (PNRF), e novas informações foram reunidas a partir dos diversos stakeholders através de entrevistas feitas com o objectivo de avaliar a situação actual da laguna em relação às ENI e as respectivas consequências com respeito à DQA. O estudo focou espécies aquáticas: 15 foram introduzidas nas últimas duas décadas, em locais onde até 1990 apenas se observava em média 1 espécie/década. O grupo biota bêntico é o maioritário (80%), principalmente algas e molúsculos (26% cada um). Importantes actividades económicas estão envolvidas com as espécies introduzidas. 73% das espécies presentes estão dentro do grupo dos piores invasores. Contudo, não são considerados perigosas pelo PNRF ou como representando um risco de falha na concretização dos objectivos da DQA pela maioria dos stakeholders. Esta contradição poderá estar relacionada com a falta de conhecimento que existe acerca do assunto. Há uma grande incerteza, falta de informação e de dados empíricos básicos sobre as espécies, o que dificulta uma avaliação correcta. Há uma clara necessidade de aumentar a investigação científica integrada e de incluir as ENI no plano de gestão do PNRF.