Com este trabalho pretende-se quantificar os custos associados à implementação e exploração de um sistema de nanofiltração (NF) na Estação de Tratamento de Águas (ETA) de Alcantarilha da Águas do Algarve, S.A. com uma capacidade de operação de 259.000 m3/d e efectuar uma comparação com os custos do actual sistema de tratamento implementado. A quantificação dos custos actuais foi efectuada através de dados obtidos a partir das operações desenvolvidas na ETA de Alcantarilha, fornecidos pelas Águas do Algarve, S.A. relativos a 2008 e 2009. Os custos foram estimados para as diferentes etapas de tratamento. Os resultados revelaram um custo associado ao tratamento de água para consumo humano de cerca de 0,10 €/m3.ano, para o esquema de tratamento existente na ETA de Alcantarilha. Realizaram-se ensaios experimentais à escala laboratorial e piloto onde se avaliou e optimizou o sistema de NF na remoção de matéria orgânica natural e cianotoxinas para diferentes taxas de recuperação de água (TxR), com águas que abastecem a actual ETA de Alcantarilha. A partir dos resultados obtidos com o estudo à escala piloto, verificou-se que a NF tem capacidade de produzir água de elevada qualidade com concentrações de microcistina muito inferiores ao valor legislado (1 mg/L), e baixo teor em matéria orgânica natural e de anatoxina- a, e que esta deve operar a TxR de pelo menos 75%. Com base nos resultados experimentais e através de modelos já desenvolvidos a partir de dados obtidos em trabalhos anteriormente realizados, determinaram-se os custos associados ao sistema de NF. O custo total estimado de implementação e operação/manutenção foi de 0,21 €/m3.ano para o ano de 2025. Conclui-se que apesar da implementação da NF na ETA de Alcantarilha provoque um acréscimo do custo de tratamento face ao tratamento convencional, este poderá ser justificável face à qualidade da água obtida.