Os blooms de cianobactérias em reservatórios de água destinada à produção de água para consumo humano originam muitos problemas, sendo o mais preocupante o facto de uma proporção significativa de cianobactérias produzirem uma ou mais toxinas. Num programa de prevenção da saúde pública, relativamente ao consumo de água com cianotoxinas, é essencial avaliar a eficiência de remoção destes compostos nas Estações de Tratamento de Água (ETA). Neste âmbito, o presente trabalho tem como objectivo efectuar uma previsão, com base em informação bibliográfica, da eficiência de remoção de cianobactérias e cianotoxinas pelo processo de tratamento instalado na ETA de Alcantarilha (Águas do Algarve, S.A.), face a um eventual bloom na água de origem. Prevê-se que a ETA de Alcantarilha (tratamento convencional com pré-ozonização) possibilite a remoção de cianobactérias e cianotoxinas intracelulares se forem utilizadas as doses de reagentes e residuais de ozono e cloro apropriados e com a utilização de carvão activado em pó (PAC) em doses relativamente elevadas. A principal incerteza prende-se com o desempenho da ETA na remoção de toxinas solúveis, uma vez que este está dependente da qualidade da água na origem e das condições de funcionamento da ozonização, da adsorção com PAC e da cloragem.