Objetivo: Caracterizar la diversidad del microbioma subgingival en salud periimplantaria, periimplantitis, salud periodontal y periodontitis; y desarrollar modelos predictivos para distinguir entre salud periimplantaria y periimplantitis. Material y métodos: Se analizaron 167 muestras (salud periimplantaria-Imp H=36, periimplantitis-Imp P=41, salud periodontal-Sub H=45, periodontitis-Sub P=45). Las secuencias Illumina se procesaron con mothur, y la taxonomía se asignó con una base de datos específica oral. Los análisis estadísticos se realizaron en R-Bioconductor. La alfa-diversidad se evaluó con: ASVs observadas, índice de cobertura 95%, e índices Shannon y Pielou. La estructura microbiana se analizó mediante análisis de componentes principales (PCA) y PERMANOVA. Las diferencias de abundancia de las variantes de secuencia de amplicón (ASVs) se evaluaron con la prueba U Mann-Whitney. Los modelos predictivos se construyeron mediante análisis discriminante de mínimos cuadrados parciales dispersos y random forest. Resultados: Se observaron más ASV en salud periimplantaria que en periimplantitis (421,00 vs. 288,00; p<0,01). La riqueza y diversidad periimplantarias fueron menores a las periodontales en salud (cobertura=97,50 vs. 178,00; p<0,05) y enfermedad (cobertura=83,00 vs. 132,00; Shannon=3,59 vs. 4,14; Pielou=0,62 vs. 0,68; p<0,01). El PCA mostró una agrupación de muestras según grupo de pertenencia (p<0,01). Las mayores diferencias de ASVs abundantes se observaron entre Imp H vs. Imp P (87 ASVs) y Sub H (76); siendo menores entre Imp P y Sub P (29). El modelo Imp H vs. Imp P incluyó 50 ASVs y obtuvo un área bajo la curva (AUC) de 0,87, con exactitud del 80,95%, sensibilidad del 92,06% y especificidad del 69,84%. Conclusiones: La placa subgingival en salud periimplantaria es más rica que en periimplantitis. El microbioma subgingival periimplantario es menos alfa-diverso que el periodontal en salud y enfermedad. Además, la estructura de los microbiomas varía significativamente entre grupos de estudio. En términos de abundancia, el microbioma subgingival difiere marcadamente entre salud periimplantaria y periimplantitis. Las diferencias entre salud periimplantaria y salud periodontal son mayores que entre las respectivas situaciones de enfermedad. Finalmente, nuestro modelo predictivo demuestra una capacidad excelente para discriminar entre salud periimplantaria y periimplantitis, apoyando el uso del microbioma subgingival como herramienta diagnóstica de precisión de la condición clínica periimplantaria.