La periodontitis es una de las enfermedades inflamatorias más comunes, con una prevalencia mundial del 11% para su forma más severa y una heredabilidad estimada de aproximadamente el 30%. La periodontitis tiene un impacto negativo en la salud general, siendo asociada con otras enfermedades sistémicas. A pesar de la evidencia de la contribución de factores genéticos en el desarrollo de la periodontitis, la base genética de esta enfermedad es aún desconocida. El objetivo de la presenta tesis es obtener conocimientos novedosos sobre la etiología genética de la forma más severa de periodontitis, periodontitis grado C estadios III/IV (PIII/IV-C), y de los mecanismos moleculares subyacentes a la asociación de la periodontitis con la diabetes mellitus de tipo 2 (DM2), la enfermedad de las arterias coronarias (CAD) y la enfermedad de Alzheimer (EA). Para ello, en primer lugar, se realizó un estudio de asociación de genoma completo (GWAS) en una población española en el que se identificaron 8 nuevos loci asociados con la PIII/IV-C y se confirmó la asociación del gen SIGLEC5 con la periodontitis. En segundo lugar, se llevó a cabo un análisis a nivel de gen y de vías, incluyendo variantes comunes y raras, que resultó en la identificación de 7 genes y de 38 vías asociados con la PIII/IV-C. Finalmente se generaron puntuaciones de riesgo poligénico (PRS), en cuyo análisis no se apreció que la DM2, la EA y la CAD compartan riesgo genético con la periodontitis.