Los criaderos de bivalvos constituyen en la actualidad la única solución viable para satisfacer la elevada demanda de semilla para una actividad intensiva como es la acuicultura, debido al agotamiento de los bancos naturales y/o sobreexplotación. En este sector, los aspectos microbiológicos juegan un papel fundamental en el éxito de los cultivos, tanto en el ambiente natural como en el ecosistema artificial de un criadero. En estas instalaciones, las mortalidades causadas por especies patógenas del género Vibrio constituyen el principal factor limitante en la producción de bivalvos durante las primeras fases de desarrollo. A pesar de la relevancia de los vibrios en los cultivos de bivalvos, existen pocos estudios en los que se analice la presencia y el papel de estos microorganismos entre las diferentes secciones del criadero y ofrezcan una visión integrada durante un período prolongado de tiempo. A lo largo de esta Memoria hemos podido identificar tres nuevos taxones patógenos dentro del género Vibrio, responsables de diferentes episodios de mortalidad larvaria. Además, hemos contribuido al avance en el esclarecimiento de la patogénesis de la vibriosis al determinar por primera vez la ruta de colonización de las larvas de bivalvos por diferentes vibrios patógenos y su relación con los signos clínicos que manifiestan dichas larvas. Se ha demostrado también la utilización inadecuada de cloranfenicol para prevenir la vibriosis ya que no garantiza el éxito de los cultivos y favorece el rápido desarrollo de vibrios resistentes a diferentes antibióticos. Además, hemos analizado las poblaciones de vibrios presentes en los distintos compartimentos del criadero integrando la información para relacionar estos resultados con el éxito/fracaso de los cultivos larvarios y poder así minimizar los episodios de vibriosis. A partir de los resultados obtenidos, hemos determinado la existencia de una estrecha relación entre los vibrios y el criadero. Por tanto, los criaderos actúan como reservorio bacteriano y el flujo entre los diferentes compartimentos es inevitable. La mejor estrategia para garantizar el éxito de los cultivos es reducir la concentración de vibrios estableciendo un control microbiológico sobre los diferentes compartimentos del criadero para evitar su proliferación. En este sentido, nuestro estudio proporciona un protocolo microbiológico para controlar y garantizar la calidad de los cultivos de microalgas, evitando el riesgo de transferencia de patógenos potenciales para las larvas y/o a los reproductores. Además, la implementación del tratamiento de acondicionamiento evaluado para R. decussatus mejoraría el manejo de los reproductores y reduciría la entrada de vibrios con potencial patogénico en los cultivos larvarios a través de una transmisión vertical bacteriana.