Con objeto de conocer la presencia de Cryptosporidium en rumiantes domésticos lactantes con diarrea de Galicia, se tomaron 611 muestras de heces (322 de terneros, 171 de corderos y 118 de cabritos). Nuestros resultados revelan que Cryptosporidium es muy prevalente en las granjas de rumiantes domésticos (54,1-65,2%), jugando un importante papel en la etiología de las diarreas neonatales de estos animales; el 31,6-62,7% excretaron ooquistes del protozoo. Para la identificación de las especies/genotipos de Cryptosporidium, se realizó una PCR-RFLP del gen SSU rRNA con las endonucleasas SspI, VspI y MboII. Se identificaron 4 especies: C. parvum fue la más prevalente y común a todas los rumiantes domésticos; C. bovis, C. ubiquitum y C. xiaoi se aislaron en un reducido número de terneros, corderos y cabritos, respectivamente. C. parvum se subtipó mediante el análisis de la secuencia del gp60, identificándose 10 subtipos zoonóticos pertenecientes a las familias alélicas IIa (9) y IId (1). El subtipo más prevalente fue el IIaA15G2R1, seguido del IIaA16G3R1. Posteriormente se determinó la variabilidad genética de C. parvum, mediante un análisis multilocus en tres marcadores (ML1, ML2 y gp60). La electroforesis capilar (EC) mostró mejores valores de tipabilidad y poder discriminatorio en el análisis de fragmentos del ML1 y ML2 que la electroforesis en geles de alta resolución y la secuenciación. Los resultados para el ML1 y ML2 obtenidos mediante EC, se combinaron con los de la gp60 para obtener un subtipo multilocus (MLT); de esta forma se identificaron 9 MLTs. El ML2 fue el marcador con mayor polimorfismo (8 alelos) y poder discriminatorio; la región ML1 sólo permitió identificar 3 alelos. El análisis global de nuestros resultados indica que se puede alcanzar una adecuada discriminación mediante el empleo del subtipado multilocus, aunque es necesario seleccionar cuidadosamente los marcadores y las técnicas a emplear.