O conjunto de comunidades microbianas que colonizam o nosso organismo designa-se de microbioma humano e participa em múltiplas funções no nosso organismo. O microbioma humano está amplamente distribuído pelos diversos compartimentos do nosso organismo e é altamente diversificado e variável entre indivíduos. De forma a estudar esta diversidade de seres, bem como o seu papel na saúde e doença do seu hospedeiro, foi criado o projeto microbioma humano. A cavidade oral é a porta de entrada do trato gastrointestinal e todos os microrganismos residentes têm um papel fundamental na harmonia entre a saúde e a doença, não apenas localmente, como também sistemicamente. A boca humana é composta por várias estruturas, sendo que cada uma delas contém o seu próprio microbioma, uma vez que os distintos locais proporcionam diferentes condições e nutrientes, ideais para o crescimento de certas comunidades em detrimento de outras. A cavidade oral é composta por centenas de espécies microbiológicas, em que todas estabelecem relações complexas entre si e com o hospedeiro. Num adulto saudável, o microbioma oral inclui bactérias, arquea, fungos, protozoários e vírus. O microbioma oral é extremamente importante para saúde do indivíduo, pois uma pequena alteração pode levar a diversas condições patológicas. De forma a prevenir patologias orais (como cáries, periodontites ou até o cancro oral) e sistémicas, tais como a diabetes, doenças cardíacas e infeções sistémicas, é necessário que o microbioma oral esteja em sintonia e equilíbrio com o hospedeiro. Assim, a higiene oral, a redução da ingestão de açúcares e uma alimentação equilibrada, são fatores cruciais para a manutenção de um microbioma oral equilibrado e manutenção de um sistema imunitário íntegro.