O microbioma oral humano é constituído por um vasto conjunto de microrganismos presentes na cavidade oral. Analisando a cavidade oral podemos verificar que nela existem mais de 700 espécies de bactérias responsáveis pelo domínio de parte do microbioma humano, tornando-a um importante local de estudo. É um dos habitats com maior diversidade no corpo humano onde esses microrganismos se apresentam de forma organizada e estruturada. Estes habitats estão intimamente relacionados com o desenvolvimento do sistema imunitário e com a proteção contra agentes patogénicos. O microbioma oral é único e específico em cada indivíduo, sofrendo variações em indivíduos diferentes. Na origem da diversidade do microbioma oral estão associados fatores como genética, dieta e localização geográfica, tendo também grande importância a localização anatómica e a idade do indivíduo. O Projeto Microbioma Humano surgiu com a finalidade de identificar diversos microrganismos presentes no ser humano, bem como compreender os principais fatores responsáveis pelas suas alterações. O estudo do microbioma oral tem sido possível graças a novas técnicas moleculares, que ajudaram a ultrapassar certas limitações de cultivo de determinas espécies bacterianas. O estudo do microbioma, das interações entre as comunidades microbianas e a sua relação com o hospedeiro são a chave para a prevenção de certas doenças orais infeciosas como a cárie dentária e a doença periodontal.