Introdução: Um biofilme é uma comunidade estruturada de células bacterianas envolvidas numa matriz constituída por substâncias poliméricas e aderido a uma superfície sólida. Esta comunidade permite um modo protegido de crescimento que permite a sobrevivência dos constituintes celulares em ambientes hostis e fornece uma tolerância aumentada a agentes antimicrobianos. Objectivo: Tentar compreender a forma como os constituintes celulares se organizam e ter um melhor conhecimento das formas de resistência antimicrobiana características da organização em biofilmes, como também de rever os métodos actualmente usados para a desinfecção no tratamento endodôntico e abordando métodos alternativos ainda em estudo. Materiais e métodos: Para tal realizou-se uma pesquisa bibliográfica nos principais motores de busca: Pubmed, B-On, SciELO, Science Direct, como também no repositório da Universidade Fernando Pessoa e da Faculdade de Medicina Dentária do Porto utilizando as palavras-chave “Biofilms”, “Apical Periodontitis”, “Enterococcus faecalis” e “Biofilm Treatment “ que foram associadas de várias formas. Desta pesquisa efectuada, entre Junho de 2014 e Julho de 2014, foram escolhidos 117 artigos em Português e Inglês dos quais foram usados 89. Resultados: A forma como actualmente procedemos à desinfecção do sistema de canais radiculares, passando pela instrumentação mecânica e irrigação química não é totalmente satisfatória no que toca a uma total erradicação dos microorganismos devido a várias limitações como a complexidade anatómica dos canais e a ecologia presente no interior dos mesmos. Conclusões: De futuro, terão que ser desenvolvidas outras estratégias antimicrobianas para suplementar as existentes. Embora estas pareçam promissoras in vitro elas carecem de estudos in vivo, os quais serão necessários no futuro para ultrapassar as várias limitações presentes no sistema de canais radiculares. Introduction: A biofilm is a structured bacterial cell community enveloped in a matrix composed of polymeric substances and attached to a solid surface. This community allows for a protected way of growth that permits the survival of the cellular components in hostile environments and provides a higher tolerance to antimicrobial agents. Objective: Trying to understand the way cellular components are organized and have a better knowledge of the antimicrobial resistances that are characteristic of the way biofilms are structured, as well as to review the currently used methods for disinfection in an endodontic treatment and to address alternative methods still in study. Materials and Methods: To this end a bibliographic research was performed on the main search engines: Pubmed, B-On, SciELO, Science Direct, and also on Universidade Fernando Pessoa and Faculdade de Medicina Dentária do Porto’s repository using “Biofilms”, “Apical Periodontitis”, “Enterococcus faecalis” and “Biofilm Treatment“ as key-words that were associated in many forms. From this research performed between June 2014 and July 2014, were selected 117 articles in Portuguese and English and from those, 89 were used. Results: The way that we currently proceed regarding the disinfection of the root canal system using mechanical instrumentation and chemical irrigation is not fully satisfactory, when it comes to the total eradication of the microorganisms present due to several limitations like the complexity of the root canal anatomy and the ecology present inside the root canal. Conclusions: In the future, other antimicrobial strategies will have to be developed to supplement the currently used ones. Although these look promising in vitro they lack in vivo studies, that will be necessary in the future to overcome the several limitations present in the root canal system.