O farmacêutico desempenha um papel fundamental na comunidade, sendo, muitas vezes, o primeiro profissional de saúde a quem se recorre em situação de urgência. Durante a pandemia, o seu papel foi ainda maior, uma vez que os serviços hospitalares e centros de saúde estavam saturados com casos graves de doentes com COVID-19, bem como pelas medidas de contingência em que o país entrou. Com este estudo, pretendeu-se avaliar o conhecimento, perceção e preparação dos farmacêuticos e profissionais de farmácia sobre doenças autoimunes (DA) e também sobre estas doenças no contexto da infeção pelo SARS-CoV-2. Foram feitos inquéritos a profissionais de farmácia nos distritos do Porto, Braga e Viana do Castelo sobre o conhecimento das DA isoladamente e associadas à infeção por SARS-CoV-2. Verificou-se que a maior parte dos inquiridos (79,3%) tinha a perceção de ter conhecimentos sobre as DA, dos quais 21,6% avaliaram como bons conhecimentos e 64,4% como conhecimentos razoáveis. No entanto, quando confrontados com questões sobre as doenças, verificou-se que mais de metade dos inquiridos (51,6%) não conseguia identificar todas as DA enunciadas no inquérito. Além disso, 22,5% referiu que as pessoas com DA não têm maior probabilidade de apresentar sequelas pós-COVID e 78,8% admitiu não saber dar resposta farmacológica nas situações de pacientes com DA e infeção por SARS-CoV-2. Adicionalmente, apesar do conhecimento demonstrado sobre os imunossupressores mais usados no tratamento das DA, a maior parte dos inquiridos demonstrou falta de conhecimentos sobre o uso dos mesmos no contexto da COVID-19. Estes resultados evidenciam uma lacuna relativamente ao conhecimento dos profissionais de farmácia acerca das DA e das consequências da infeção por SARS-CoV-2, apesar de eles próprios terem uma perceção oposta. Estes profissionais devem destacar-se no domínio da educação aos pacientes, apoiando-os com respostas, recomendações e informação que deve ser constantemente atualizada.