Objectivo: Avaliar a eficácia dos ômega-3 no controlo da estomatite aftosa recorrente e para isso pretendeu-se responder à questão: “Os ácidos gordos ômega-3 melhoram os sinais e sintomas da estomatite aftosa recorrente?”. Metodologia: A revisão foi registada na base de dados PROSPERO e foi conduzida segundo as guidelines do PRISMA. Efetuou-se uma pesquisa bibliográfica na PubMed, Cocrhane Library, Livivo, Lilacs e Google Académico durante março de 2022 e os artigos considerados foram os publicados na última década. O risco de viés foi determinado com recurso ao Cochrane risk of bias tool 2 (RoB 2). Resultados: Incluíram-se 4 artigos após a aplicação dos critérios de inclusão e exclusão aos 213 potencialmente elegíveis. Em 3 estudos houve um decréscimo da duração das úlceras a partir dos 3 meses, diminuição da dor e do número médio mensal de úlceras aos 6 meses. Houve redução do tamanho das úlceras e da sua recorrência aos 6 meses em 2 dos estudos. Conclusão: A suplementação com ômega-3 parece ter potencial terapêutico no controlo da estomatite aftosa recorrente.