La biodiversidad es un recurso con importantes valores ecológicos, económicos y estéticos y está siendo amenazada por la continua presión sobre los ecosistemas terrestres y marinos. Su distribución espacial depende de factores de diversa índole que abarcan escalas espaciales y temporales muy distintas, desde las globales hasta las locales. El interés por crear herramientas para la gestión y conservación de los recursos biológicos, plantea la necesidad de desarrollar una teoría general sobre la biodiversidad y su distribución espacial. Para tal fin, se deben integrar las distintas visiones parciales, de la Biogeografía a la Ecología, y de sus escalas de trabajo sobre el problema de estudio, a través de la recuperación de conceptos eminentemente geográficos: jerarquía de escalas, síntesis regional, etc. Por otro lado, estos conceptos han de implementarse en marcos metodológicos y técnicos adecuados. El presente artículo tiene por objeto (1) sintetizar las diferentes aproximaciones conceptuales y subrayar soluciones posibles para la unificación de un marco teórico desde la Geografía y (2) exponer metodologías estadísticas dirigidas al desarrollo de modelos predictivos y explicativos, escasamente usados hasta el momento por los biogeógrafos españoles.