Las genotecas o bibliotecas génicas son un conjunto de secuencias representativas de las que se encuentran en la muestra original. Para su construcción se aisla el ADN de todos los microorganismos de un hábitat, se amplifica por PCR y el producto se clona en un vector adecuado. El análisis de la secuencia de los clones y su comparación en las bases de datos permiten conocer su identidad y estimar sus relaciones filogenéticas. Aparte de algunas consideraciones metodológicas, la mayor limitación de esta técnica es la gran cantidad de tiempo y recursos que requiere, de forma que solo se puede analizar un número limitado de muestras.

La técnica se ha utilizado para identificar los microorganismos implicados en la fermentación del "pozol", un producto mejicano a base de harina de maíz en cuya fermentación intervienen bacterias lácticas (Escalante y col., 2001). Se ha aplicado también al estudio microbiológico de la corteza de un queso francés de pasta lavada elaborado con leche cruda, comparándolo con otro elaborado con leche pasteurizada (Feurer y col., 2004). Al lado de Streptococcus thermophilus y otras especies clásicas de corteza, en el queso han aparecido microorganismos emparentados con especies marinas como componentes de la microbiota dominante.

La OTRI del Centro Tecnológico Nacional de la Conserva y Alimentación junto con la OTT del Consejo Superior de Investigaciones Científicas, colaboran en el Proyecto AGROCSIC, el cual fue aprobado por el Ministerio de Ciencia y Tecnología y financiado por el Ministerio de Educación y Ciencia. El objetivo principal de esta nueva actuación es estudiar las distintas líneas de trabajo de los Centros del CSIC relacionadas con la alimentación, para transferir sus resultados al sector industrial.

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