[PT] O vírus do mixoma (MYXV) é um poxvírus de lagomorfos com uma história evolutiva notável. O seu hospedeiro natural é o tapeti (Sylvilagus brasiliensis), uma espécie sulamericana em que a infeção é geralmente inócua. No século XX, o MYXV foi introduzido nos coelhos europeus (Oryctolagus cuniculus) na Europa e na Austrália para controlar a sobrepopulação. Nesta espécie, o MYXV produz uma doença fatal, a mixomatose. Após as primeiras introduções, a mixomatose causou taxas de mortalidade próximas dos 100%, reduzindo drasticamente o número de coelhos. No entanto, rapidamente surgiram estirpes virais atenuadas e coelhos geneticamente resistentes. Consequentemente, o impacto da doença diminuiu e as populações começaram a recuperar, embora nunca para as dimensões anteriores. Atualmente, a mixomatose ainda influencia a dinâmica das populações de coelhos na sua área de distribuição nativa, a Península Ibérica, embora a severidade da doença seja geralmente menor. Em 2018, o MYXV saltou de espécie para outro lagomorfo, a lebre ibérica (Lepus granatensis), após o aparecimento de uma estirpe recombinante, ha-MYXV/MYXV-Tol. A ha-MYXV inclui uma inserção de 2,8 kb, mas, de resto, apresenta uma elevada identidade com a estirpe que circulava anteriormente em coelhos (Lausanne, LauMYXV). Desde 2018, têm sido registados surtos em toda a área de distribuição da lebre ibérica. No entanto, os estudos epidemiológicos têm sido um desafio devido à monitorização limitada e em grande parte restrita a vigilância passiva. Neste contexto, esta tese teve como objetivo aumentar o conhecimento sobre mixomatose em lebres, combinando várias ferramentas de vigilância e diagnóstico, bem como diferentes abordagens estatísticas e genómicas.

[EN] The myxoma virus (MYXV) is a poxvirus affecting lagomorphs with a remarkable evolutionary history. Its natural host is the tapeti (Sylvilagus brasiliensis), a South American species in which infection is generally innocuous. In the 20th century, MYXV was introduced into European rabbits (Oryctolagus cuniculus) in Europe and Australia to control overpopulation. In this species, MYXV produces a fatal disease, myxomatosis. Following the first introductions, myxomatosis caused mortality rates near 100%, drastically reducing rabbit numbers. However, attenuated viral strains and genetically resistant rabbits soon emerged. Consequently, disease impact decreased, and populations started to recover, though never to previous dimensions. Today, myxomatosis still influences rabbit population dynamics in their native range, the Iberian Peninsula, though disease severity is generally lower. In 2018, MYXV jumped to another lagomorph, the Iberian hare (Lepus granatensis), after the emergence of a recombinant strain, ha-MYXV/MYXV-Tol. The ha-MYXV includes a 2.8 kb insert, but otherwise shows high identity with strain previously circulating in rabbits (Lausanne, Lau-MYXV). Since 2018, outbreaks have been reported throughout the Iberian hare’s range. Yet, epidemiological studies have been challenging due to limited monitoring, largely restricted to passive surveillance. In this context, this thesis aimed to increase the understanding of myxomatosis in hares by combining various surveillance and diagnostic tools, as well as different statistical and genomic approaches.

Doctoral program in Biodiversity, Genetics and Evolution.

Peer reviewed