Introducción: La dispepsia funcional es una entidad clínica en la que no se encuentra una causa orgánica para los síntomas de molestias en la parte superior del tracto gastrointestinal (TGI). Su determinación se produce por exclusión de otras patologías, por lo que estos sujetos se someten normalmente a una endoscopia para tomar muestras del TGI superior, llegando hasta la primera porción del intestino delgado o duodeno. Aquí, las comunidades microbianas han sido muy poco estudiadas en comparación con las que habitan posiciones más distales en el intestino grueso. Sin embargo, es en el duodeno donde tiene lugar la secreción biliar y pancreática, y la digestión de las grasas. Una de las poblaciones más representativas en este nicho parece ser la de estreptococos, pero se han realizado muy pocos trabajos en sujetos sanos por la dificultad de acceso a las muestras. Objetivos: Llevar a cabo un estudio microbiológico mediantes diversas técnicas moleculares y de cultivo de muestras de aspirados duodenales en sujetos, aparentemente sanos, con el fin de identificar si los estreptococos son dominantes en este ecosistema, y asilar cepas comensales de este género de interés. Materiales y Métodos: Aspirados duodenales de sujetos con dispepsia se cultivaron en medio BHI incubándose a 37°C en condiciones de aerobiosis y microaerofilia. Además de los recuentos en placa y aislamiento de colonias para su posterior identificación (mediante secuenciación del gen SOD), se determinó la carga microbiana total mediante qPCR usando cebadores conservados para el ADNr 16S. Por otro lado, se determinaron las comunidades microbianas presentes mediante metagenómica filogenética. Resultados: En las muestras se obtuvieron recuentos en cultivo en torno a 104 ufc/ml, mientras que por qPCR los niveles fueron del orden de una unidad logarítmica superior (4,5x105). La asignación taxonómica de las secuencias obtenidas mediante tecnología Illumina reveló que las mayores abundancias relativas se correspondían con secuencias del género Streptococcus (~42%). Se obtuvieron un total de 61 aislados correspondientes con estreptococos del grupo salivarius (30): 18 Streptococcus salivarius y 12 S. vestibularis, grupo mitis (21): 8 S. parasanguinis, 6 S. oralis, 5 S. mitis, 1 S. infantis y 1 S. peroris y grupo anginosus (8): 6 S. anginosus y 2 S. constellatus. Se aislaron también un par de cepas con una identidad menor del 96% con otras especies de estreptococos y hemos procedido a la secuenciación de sus genomas. Conclusiones: Los resultados microbiológicos del ambiente duodenal muestran una dominancia de estreptococos del grupo salivarius, tal y como estaba reportado, pero también la presencia de otras especies distintas del grupo viridans, en concreto del grupo anginosus, cuyas secuencias fueron también encontradas mediante metagenómica filogenética, y de las cuales se sabe muy poco de su incidencia y significado clínico. El estudio de estos aislados posibilitará una mejor caracterización del ecosistema microbiano del TGI superior.

Trabajo presentado a la 13ª Reunión de la Red Española de Bacterias Lácticas (RedBAL), celebrada en el Centro de Investigaciones Biológicas (CIB-CSIC) en Madrid del 17 al 18 de junio de 2019.

A Chotika Mahatkomol y Atima Wongwan del programa internacional IFMSA / Ayuda ID//2018/00236 y proyecto AGL2015-64901-R.