En el mar profundo, allí donde la luz no llega a penetrar, el océano se hace oscuro y los ecosistemas dominados por organismos vegetales dejan paso a otros formados únicamente por animales. Entre estos ecosistemas de las zonas profundas, están los arrecifes y bosques de corales de profundidad. Como en el caso de los ecosistemas de corales tropicales, se trata de complejas estructuras tridimensionales generadas por el lento crecimiento de corales pétreos, cuyos esqueletos están formados por carbonato de calcio, así como de gorgonias y corales negros cuyos esqueletos tienen una estructura proteica. La complejidad estructural que estos organismos sésiles generan es aprovechada por multitud de especies de invertebrados y de peces que entre sus ramas encuentran refugio, alimento o el lugar idóneo de cría. Esta combinación de morfologías, colores y formas de vida da lugar a unos ecosistemas de altísima diversidad y de gran belleza. A diferencia de los corales tropicales, que se sustentan principalmente por la fotosíntesis de algas simbiontes albergadas en sus tejidos, los corales de profundidad se alimentan de las partículas y organismos que se encuentran suspendidos en el agua y que capturan gracias a los tentáculos de sus pólipos. Se trata por tanto de organismos exclusivamente heterotróficos que se alimentan de plancton y de partículas de materia orgánica. Los corales de profundidad están presentes en todos los océanos del planeta, principalmente entre 150 y 2000 m de profundidad, en aguas frías y ricas en alimento. En el Mar Mediterráneo son muchos los lugares en los que se ha observado la presencia de comunidades de corales de profundidad, especialmente en las cimas y flancos de montañas submarinas, así como en las paredes de los cañones submarinos que inciden los márgenes continentales. También se han documentado poblaciones de corales y gorgonias de profundidad en fondos rocosos de los sectores más profundos de las plataformas continentales y en sus márgenes. La elevada diversidad de especies asociada a los corales de profundidad hace de estas comunidades un enclave atractivo para la actividad pesquera. Redes y palangres de fondo pueden dañar o romper las ramas de los corales, favoreciendo así el crecimiento de organismos que los recubren y que pueden llegar a ocasionarles la muerte. Si bien la pesca de arrastre no actúa directamente en los fondos rocosos, ya que suponen un alto riesgo para el arte de pesca, el efecto que provoca su paso por los fondos sedimentarios cercanos es notable, suponiendo un importante aumento de sedimento en suspensión que puede llegar a dejar cubiertos a los corales por un fino fango del cual no pueden liberarse. A estos impactos directos hay que añadir la vulnerabilidad de estos organismos a los cambios fisicoquímicos y biológicos derivados del cambio global, especialmente los que afectan a la química de los carbonatos (acidificación), el aumento de la temperatura del agua de mar (estrés térmico) y los cambios en la circulación y la producción primaria (cambios en la disponibilidad de alimento). ​ Por todo ello, y teniendo en cuenta la elevada longevidad y el lento crecimiento de los corales de profundidad, es absolutamente necesario implementar medidas eficaces de protección de estos ecosistemas, que deben incluir la regulación de las actividades de pesca, la mejora en la selectividad de las artes de pesca para reducir su impacto, y el establecimiento de áreas marinas protegidas que incluyan las comunidades de corales de profundidad.

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