El SARS-CoV-2 es un tipo de coronavirus responsable del brote internacional de enfermedades respiratorias denominado COVID-19 que obligó a la Organización Mundial de la Salud a declarar una situación pandémica de enfermedad infecciosa de preocupación internacional a principios de 2020. La necesidad de una respuesta rápida contra la COVID-19 llevó a considerar diferentes fuentes para identificar compuestos bioactivos que puedan usarse como agentes terapéuticos, incluidos los medicamentos y productos naturales disponibles. En consecuencia, este trabajo informa los resultados de un proceso de detección virtual destinado a identificar inhibidores de productos naturales antivirales de la proteasa viral Mpro del SARS-CoV-2. Para este propósito, aproximadamente 2000 compuestos de la base de datos Selleck de Compuestos Naturales fueron objeto de un proceso de acoplamiento conjunto dirigido a la proteasa Mpro. Las moléculas que mostraron unión a la mayoría de las conformaciones de proteínas se retuvieron para un paso adicional que implicó el cálculo de la energía libre de unión del complejo ligando-Mpro a lo largo de una trayectoria de dinámica molecular. Los compuestos que mostraron un comportamiento de energía libre de unión suave se seleccionaron para pruebas in vitro. A partir del conjunto resultante de compuestos, cinco compuestos exhibieron un perfil antiviral, y se describen en el presente trabajo.

Le SRAS-CoV-2 est un type de coronavirus responsable de l'épidémie internationale de maladie respiratoire appelée COVID-19 qui a forcé l'Organisation mondiale de la santé à déclarer une situation de pandémie de maladie infectieuse de portée internationale au début de 2020. La nécessité d'une réponse rapide contre la COVID-19 a incité à envisager différentes sources pour identifier les composés bioactifs qui peuvent être utilisés comme agents thérapeutiques, y compris les médicaments et les produits naturels disponibles. En conséquence, ce travail rapporte les résultats d'un processus de criblage virtuel visant à identifier les inhibiteurs de produit naturel antiviral de la protéase virale SARS-CoV-2 Mpro. À cet effet, environ 2000 composés de la base de données Selleck des composés naturels ont fait l'objet d'un processus d'amarrage d'ensemble ciblant la protéase Mpro. Les molécules qui ont montré une liaison à la plupart des conformations protéiques ont été conservées pour une étape supplémentaire qui impliquait le calcul de l'énergie libre de liaison du complexe ligand-Mpro le long d'une trajectoire de dynamique moléculaire. Les composés qui ont montré un comportement énergétique lisse et sans liaison ont été sélectionnés pour des tests in vitro. À partir de l'ensemble de composés résultant, cinq composés ont présenté un profil antiviral, et ils sont divulgués dans le présent travail.

SARS-CoV-2 is a type of coronavirus responsible for the international outbreak of respiratory illness termed COVID-19 that forced the World Health Organization to declare a pandemic infectious disease situation of international concern at the beginning of 2020. The need for a swift response against COVID-19 prompted to consider different sources to identify bioactive compounds that can be used as therapeutic agents, including available drugs and natural products. Accordingly, this work reports the results of a virtual screening process aimed at identifying antiviral natural product inhibitors of the SARS-CoV-2 Mpro viral protease. For this purpose, ca. 2000 compounds of the Selleck database of Natural Compounds were the subject of an ensemble docking process targeting the Mpro protease. Molecules that showed binding to most of the protein conformations were retained for a further step that involved the computation of the binding free energy of the ligand-Mpro complex along a molecular dynamics trajectory. The compounds that showed a smooth binding free energy behavior were selected for in vitro testing. From the resulting set of compounds, five compounds exhibited an antiviral profile, and they are disclosed in the present work.

فيروس كورونا 2 المرتبط بمتلازمة الجهاز التنفسي الحادة الوخيمة (SARS - CoV -2) هو نوع من فيروس كورونا المسؤول عن التفشي الدولي لأمراض الجهاز التنفسي المسمى COVID -19 الذي أجبر منظمة الصحة العالمية على الإعلان عن حالة مرض معدٍ وبائي تثير قلقًا دوليًا في بداية عام 2020. دفعت الحاجة إلى استجابة سريعة ضد COVID -19 إلى النظر في مصادر مختلفة لتحديد المركبات النشطة بيولوجيًا التي يمكن استخدامها كعوامل علاجية، بما في ذلك الأدوية والمنتجات الطبيعية المتاحة. وفقًا لذلك، يشير هذا العمل إلى نتائج عملية فحص افتراضية تهدف إلى تحديد مثبطات المنتجات الطبيعية المضادة للفيروسات لإنزيم بروتياز سارس- كوف-2 Mpro الفيروسي. لهذا الغرض، كانت حوالي 2000 مركب من قاعدة بيانات Selleck للمركبات الطبيعية موضوع عملية إرساء جماعية تستهدف بروتياز Mpro. تم الاحتفاظ بالجزيئات التي أظهرت ارتباطًا بمعظم تكوينات البروتين لخطوة أخرى تضمنت حساب الطاقة الحرة الرابطة لمركب ليجاند- برو على طول مسار الديناميكيات الجزيئية. تم اختيار المركبات التي أظهرت سلوكًا سلسًا للطاقة الحرة الملزمة للاختبار في المختبر. من مجموعة المركبات الناتجة، أظهرت خمسة مركبات مظهرًا جانبيًا مضادًا للفيروسات، وتم الكشف عنها في العمل الحالي.