El cuerpo humano está densamente colonizado por microorganismos, que ocupan cada uno de los nichos ecológicos presentes en el mismo, desde la piel hasta el intestino.Esta comunidad microbiana se denomina Microbiota, entendiendo por tal al «conjunto de microorganismos presentes en un ambiente definido». Así por ejemplo la microbiota presente en la cavidad oral recibe el nombre de microbiota oral. Entre los diferentes hábitats presentes en el cuerpo humano el intestino es el más densamente poblado, alcanzando en el colon densidades microbianas del en torno a 1011 microorganismos por gramo de contenido intestinal. Además, esta comunidad microbiana es extremadamente compleja en su composición, con cada uno de nosotros albergando cientos de diferentes especies de microorganismos.