Les comparaisons phylogénétiques de l'ADN ont montré que la reconnaissance des espèces basée sur la morphologie sous-estime souvent la diversité fongique. Par conséquent, le besoin de données précises sur les séquences d'ADN, liées à la fois à des noms taxonomiques corrects et à des données de spécimens clairement annotées, n'a jamais été aussi grand. En outre, le nombre croissant de projets d'écologie moléculaire et de microbiome utilisant le séquençage à haut débit nécessite des méthodes rapides et efficaces pour l'attribution en masse d'espèces. Dans cet article, nous nous concentrons sur la sélection et la réannotation d'un ensemble de séquences de référence de marqueurs qui représentent chaque ordre de champignons actuellement accepté. L'accent est mis en particulier sur les séquences de la région espaceur transcrite interne dans le cistron ribosomique nucléaire, dérivées de spécimens types et/ou de cultures ex-type. Des séquences ré-annotées et vérifiées ont été déposées dans une base de données publique organisée au National Center for Biotechnology Information (NCBI), à savoir la base de données RefSeq Targeted Loci (RTL), et seront visibles lors des recherches de similarité de séquence de routine avec des numéros d'accès NR_prefixés. Un ensemble de normes et de protocoles est proposé pour améliorer la qualité des données de nouvelles séquences, et nous suggérons comment le type et d'autres séquences de référence peuvent être utilisés pour améliorer l'identification des champignons. URL de la base de données : http://www.ncbi.nlm.nih.gov/bioproject/PRJNA177353.

Las comparaciones filogenéticas del ADN han demostrado que el reconocimiento de especies basado en la morfología a menudo subestima la diversidad fúngica. Por lo tanto, la necesidad de datos precisos de la secuencia de ADN, vinculados tanto a los nombres taxonómicos correctos como a los datos de especímenes claramente anotados, nunca ha sido mayor. Además, el creciente número de proyectos de ecología molecular y microbioma que utilizan secuenciación de alto rendimiento requiere métodos rápidos y efectivos para la asignación masiva de especies. En este artículo, nos centramos en seleccionar y volver a anotar un conjunto de secuencias de referencia de marcadores que representan cada orden de hongos actualmente aceptado. El enfoque particular está en las secuencias de la región espaciadora transcrita interna en el cistrón ribosómico nuclear, derivadas de especímenes tipo y/o cultivos ex-tipo. Las secuencias re-anotadas y verificadas se depositaron en una base de datos pública seleccionada en el Centro Nacional de Información Biotecnológica (NCBI), a saber, la base de datos RefSeq Targeted Loci (RTL), y serán visibles durante las búsquedas rutinarias de similitud de secuencias con números de acceso con prefijo NR_. Se propone un conjunto de estándares y protocolos para mejorar la calidad de los datos de las nuevas secuencias, y sugerimos cómo se pueden utilizar el tipo y otras secuencias de referencia para mejorar la identificación de hongos. URL de la base de datos: http://www.ncbi.nlm.nih.gov/bioproject/PRJNA177353.

DNA phylogenetic comparisons have shown that morphology-based species recognition often underestimates fungal diversity. Therefore, the need for accurate DNA sequence data, tied to both correct taxonomic names and clearly annotated specimen data, has never been greater. Furthermore, the growing number of molecular ecology and microbiome projects using high-throughput sequencing require fast and effective methods for en masse species assignments. In this article, we focus on selecting and re-annotating a set of marker reference sequences that represent each currently accepted order of Fungi. The particular focus is on sequences from the internal transcribed spacer region in the nuclear ribosomal cistron, derived from type specimens and/or ex-type cultures. Re-annotated and verified sequences were deposited in a curated public database at the National Center for Biotechnology Information (NCBI), namely the RefSeq Targeted Loci (RTL) database, and will be visible during routine sequence similarity searches with NR_prefixed accession numbers. A set of standards and protocols is proposed to improve the data quality of new sequences, and we suggest how type and other reference sequences can be used to improve identification of Fungi. Database URL: http://www.ncbi.nlm.nih.gov/bioproject/PRJNA177353.

أظهرت مقارنات تطور الحمض النووي أن التعرف على الأنواع القائمة على المورفولوجيا غالباً ما يقلل من شأن التنوع الفطري. لذلك، فإن الحاجة إلى بيانات تسلسل الحمض النووي الدقيقة، المرتبطة بكل من الأسماء التصنيفية الصحيحة وبيانات العينات المشروحة بوضوح، لم تكن أكبر من أي وقت مضى. علاوة على ذلك، فإن العدد المتزايد من مشاريع البيئة الجزيئية والميكروبيوم باستخدام التسلسل عالي الإنتاجية يتطلب طرقًا سريعة وفعالة لتخصيص الأنواع بشكل جماعي. في هذه المقالة، نركز على اختيار وإعادة تعليق مجموعة من التسلسلات المرجعية للعلامات التي تمثل كل ترتيب مقبول حاليًا للفطريات. ينصب التركيز بشكل خاص على التسلسلات من منطقة المباعد الداخلي المنسوخ في سيسترون الريبوسومات النووية، المستمدة من عينات النوع و/أو الثقافات من النوع السابق. تم إيداع التسلسلات المعاد تفسيرها والتحقق منها في قاعدة بيانات عامة منسقة في المركز الوطني لمعلومات التكنولوجيا الحيوية (NCBI)، وهي قاعدة بيانات RefSeq Targeted Loci (RTL)، وستكون مرئية أثناء عمليات البحث الروتينية عن تشابه التسلسل بأرقام NR_prefixed الانضمام. يتم اقتراح مجموعة من المعايير والبروتوكولات لتحسين جودة البيانات للتسلسلات الجديدة، ونقترح كيف يمكن استخدام النوع والتسلسلات المرجعية الأخرى لتحسين تحديد الفطريات. رابط قاعدة البيانات: http://www.ncbi.nlm.nih.gov/bioproject/PRJNA177353.