Es esperable que las comunidades microbianas estén constitutidas por unos pocos tipos de microorganismos muy abundantes y un gran número de microorganismos diferentes, pero escasos o, incluso, raros. Se plantea la hipótesis de que estos microorganismos minoritarios sean, sin embargo, importantes en los ecosistemas. Con objeto de detectarlos y conocer su papel en los ciclos biogeoquímicos y redes tróficas, se han estudiado los cambios estacionales de la comunidad microbiana a lo largo de un amplio gradiente ambiental en el entorno de una laguna temporal del Parque Nacional de Doñana durante 2012. Se monitorizaron las comunidades de procariotas por pirosecuenciación de amplicones de los genes ARN ribosomal 16S en muestras de suelos y sedimentos en diferentes zonas sometidas a factores ambientales estresantes: a) playa (salinidad), b) dunas litorales (sequedad), c) matorral perilagunar (limitación por nutrientes) y d) orilla laguna (fluctuación desecación/inundación). Además, se determinaron las concentraciones de nutrientes, cationes y aniones principales, metales pesados, materia orgánica fina, pH y texturas (arcillas, limos y arenas). El porcentaje de materia orgánica y la proporción de materiales finos resultaron ser las variables más importantes en la ordenación multidimencional (NMDS) del total de muestras. Las zonas cercanas a la laguna reflejaron un ambiente significativamente más rico en nutrientes y minerales. La mayor acumulación de materiales finos y de disponibilidad de agua, hacen pensar que la zonas cercanas a la laguna constituyeron ambientes comparativamente menos estresantes que las zonas de dunas y playa para las comunidades microbianas. La distribución de los microorganismos también estuvo fuertemente relacionada con los nutrientes y factores de estrés, observándose diferencias en base a la disponibilidad de agua en el ambiente

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