Los huesos subfósiles son una fuente de información que va más allá del estudio taxonómico y tafonómico a nivel macroscópico. En este sentido, las técnicas de ADN antiguo y las físico-químicas están aportando nuevas perspectivas a los análisis paleobiológicos llegando a describir patrones de domesticación, migración, contaminación ambiental, etc. No obstante, el proceso de diagénesis, por el que pasan todos los restos subfósiles, conlleva una problemática asociada que afecta a este tipo de estudios genéticos y físico-químicos. Además de las pérdidas de material que se producen por erosión, la composición química se puede ver afectada por procesos de disolución, precipitación, absorción, sustitución mineral y recristalización. Todos estos problemas de contaminación están siendo tratados por diferentes especialistas que preparan las muestras en función de los objetivos a alcanzar y de las técnicas a utilizar. Con este trabajo de investigación se pretende desarrollar un protocolo de preparación de muestras efectivo para la detección de contaminaciones ambientales prehistóricas e históricas a partir del estudio de elementos traza con una técnica no destructiva, PIXE.