El sistema de investigación es altamente dependiente de los recursos que le suministra el sistemapolítico. Los investigadores tienen la expectativa de que el gasto público en I+D aumente,pero el encarecimiento de la investigación y la emergencia de problemas financieros de losgobiernos han hecho perder relevancia en la agenda política a la ejecución directa de la I+D. Esasituación se ha observado en los centros de investigación de titularidad estatal en España, quehan disminuido su peso en el conjunto de la actividad investigadora, mientras aumentaban losmecanismos de financiación competitiva como método de intervención gubernamental.La reducción de las ayudas directas es un problema que afecta a las condiciones de ejecuciónde la investigación, tanto para los investigadores como para los centros. El objetivo de este artículoes analizar cómo un conjunto de centros de investigación públicos han respondido a lareducción de recursos transferidos directamente por la Administración. Tras constatar la diversidadde respuestas para adaptarse y hacer frente al descenso de las transferencias directas del Estado,se construye una explicación de carácter institucionalista basada en el nivel y el tipo de autonomíade que disponen los centros y los investigadores.