En la presente tesis se recogen los resultados más relevantes obtenidos de la aplicación del acoplamiento electroforesis capilar-espectrometría de masas con interfase electrospray (CE-ESI-MS) al análisis de alimentos. Se han desarrollado diversos metodos CE-MS que permite la determinación de proteínas básicas para la diferenciación de especies y la detección de adulteraciones a través de la determinación de Lisozima en alimentos. Se ha combinado el uso de un método de extracción limpio, como la extracción presurizada con agua, con el acoplamiento CE-MS para el estudio de las principales ficobiliproteínas procedentes de la microalga Spirulina platensis. Se ha desarrollado un nuevo procedimiento metodológico para el estudio de mapas peptídicos que consiste en el uso combinado de un programa de simulación de migración de péptidos mediante CE y el acoplamiento CE-ESI-MS. Se ha llevado a cabo la cuantificación mediante CE-ESI-MS y CE-UV del péptido bioactivo GEC presente en semillas de la especie Vicia narbonensis L. Por ultimo, se ha llevado a cabo el análisis de un grupo de 7 aminoácidos quirales y 1 aminoácido aquiral, mediante CE-ESI-MS. El nuevo método se ha aplicado al análisis de los aminoácidos mayoritarios en zumo de naranja, permitiendo la detección de la adición de aminoácidos sintéticos utilizada para enmascarar determinados fraudes, como la dilución de los zumos con agua.

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