El estudio de la evolución geológica de la cueva de Goikoetxe muestra las distintas secuencias de relleno de la cavidad haciendo posible diferenciar dos secuencias aloestratigráficas que incluyen tanto depósitos de relleno detrítico como de precipitado químico, alternando con eventos erosivos. Dichas secuencias permiten reconstruir la historia de la cavidad durante el transcurso de su formación. En relación a los precipitados de origen químico, han podido diferenciarse al menos tres generaciones de espeleotemas, con dos fases de formación de estalagmitas bien diferenciadas: Antuá (basculada debido a una erosión en la cavidad) y Moreno (de desarrollo vertical sobre Antúa y por tanto de génesis posterior). A partir del estudio petrográfico de estos espeleotemas, se han diferenciado distintas fases de crecimiento por cambios ambientales. Futuros análisis mediante catodoluminiscencia y microscopio electrónico permitirán establecer con mayor precisión la evolución paleoambiental del entorno, mientras que el análisis geoquímico determinará la razón de la coloración de las estalagmitas presentes en esta cueva. Además, también se realizarán dataciones U/Th con el fin de saber la edad exacta de cada proceso.

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