Os Açores são um local único para estudos epidemiológicos da abelha devido à distribuição heterogénea de um dos principais responsáveis pelo seu declínio mundial: Varroa destructor. Ademais, o fungo Nosema ceranae e vários vírus têm sido apontados como um problema sanitário. Assim, este é o primeiro estudo epidemiológico nos Açores para avaliar o estatuto da N. ceranae e os mais importantes vírus das abelhas: BQCV1, SBV2, CBPV3, LSV4, DWV5, AKI6 e BeeMLV7. Analisaram-se 474 amostras de oito das nove ilhas em 2014/2015 e 92 de quatro ilhas em 2020. O ADN e ARN foram extraídos e o diagnóstico e carga viral foram obtidos por RT-qPCR. Apenas Flores e Sta Maria não têm Nc, nas restantes ilhas a carga é variável, ocorrendo um aumento significativo em S. Jorge e Terceira em 2020. Os vírus BQCV e LSV estão em todas as ilhas amostradas sendo as cargas virais significativamente diferentes entre elas. Relativamente ao LSV, Flores apresentou a carga mais baixa e Pico a mais elevada. SBV existe apenas no Faial e Pico, sem diferenças nas cargas. CBPV tem prevalências baixas, tendo sido detetado no Pico, S. Miguel, Graciosa, Terceira, Faial, com cargas elevadas, à exceção de Graciosa e Pico. S. Jorge e Terceira não têm DWV, sendo que as restantes têm prevalências variáveis e cargas virais diferentes em ambos os anos. AKI e BeeMLV não foram detetados. Este estudo mostra que os Açores são um local privilegiado para a apicultura, com várias ilhas livres dos principais patógenos que afligem a abelha melífera no mundo.