A agricultura biológica tem vindo a ser incentivada pelas políticas comunitárias. Não é, contudo, claro que do maior apoio comunitário à agricultura biológica possam vir benefícios para a agricultura nacional no seu todo ou que de alguma forma esta se vá tornar internacionalmente mais competitiva. A agricultura biológica coloca desafios que o setor da amêndoa pode não conseguir ultrapassar. Na componente agronómica, os desafios são complexos e podem ser divididos em dois grupos: proteção sanitária das culturas; e gestão da fertilidade do solo e fertilização. Neste trabalho, procura dar-se uma visão de como os problemas da gestão da fertilidade do solo e da fertilização podem ser ultrapassados em pomares biológicos de escala comercial. Para isso é necessário revisitar e entender o conceito de elemento essencial e em que medida os solos podem fornecer nutrientes às plantas. É também necessário entender que soluções fertilizantes existem no mercado para agricultura biológica e de como os agricultores podem delas tirar partido.