Com o estudo dos efeitos sobre a fauna aquática da construção da ponte Vasco da Gama, iniciaram-se oficialmente em 1995 os trabalhos de monitorização ambiental no Instituto de Oceanografia da FCUL. Nos dez anos subsequentes vários outros projectos semelhantes têm vindo a ser desenvolvidos por esta instituição, especialmente no estuário do Tejo, com destaque para a monitorização biológica do agora Parque das Nações, que decorre há oito anos. Muitas têm sido as componentes consideradas nesses estudos, embora grande parte da investigação efectuada se tenha centrado na análise da vegetação de sapal, dos macroinvertebrados bentónicos, da ictiofauna e da avifauna aquática, por se terem revelado os elementos mais informativos. Neste trabalho é efectuado um historial das dificuldades e soluções encontradas para a sua realização ao longo do período considerado, apresentados os principais resultados obtidos e perspectivadas as linhas de actuação futura neste domínio. Entre as conclusões a retirar, destaca-se a maior adequação dos macroinvertebrados bentónicos para projectos com uma menor abrangência espacial e temporal e da ictiofauna na situação inversa. Salienta-se também que, devido à extrema variabilidade espaço-temporal dos sistemas salobros e os consequentes constrangimentos para estabelecer estações de controlo nestes ambientes, bem como à dificuldade para efectuar estudos suficientemente longos na fase pré-operacional, a única solução viável para a realização de programas de monitorização nesses ecossistemas passa frequentemente pelo estabelecimento exclusivo de estações de amostragem de tratamento, aplicação de metodologias de análise que não necessitam da existência de uma situação de referência e a condução dos trabalhos durante um número de anos suficientemente longo, para permitir detectar os factores responsáveis por eventuais variações naturais. Apesar do desenvolvimento recente de vários métodos para a análise dos dados, que permitem a avaliação e o acompanhamento da condição das comunidades aquáticas, é salientada a necessidade de um emprego criterioso dos mesmos e aconselhada a sua utilização em simultâneo, já que o cruzamento das informações obtidas em cada caso acaba por fornecer resultados mais fidedignos que a sua aplicação isolada. Dada a maior instabilidade natural dos ecossistemas salobros portugueses na época invernal, devido a fenómenos intensos de pluviosidade, e a ocorrência de picos de recrutamento na Primavera, a amostragem destes locais deverá incluir sempre a época estival ou o início do Outono.