Este atlas inclui as espécies de mamíferos silvestres com ocorrência documentada em Portugal, tanto em meio marinho como em meio terrestre. Para os mamíferos terrestres, os mapas incluem todo o território continental e insular. Para os mamíferos marinhos, incluem-se quer as regiões costeiras, quer a Zona Económica Exclusiva (ZEE) de Portugal. Não se inclui um capítulo especificamente dedicado à distribuição dos morcegos (ordem Chiroptera), por estes terem sido alvo de um atlas recente ao qual pouco teríamos a acrescentar; no entanto, os dados relativos a este grupo estão incluídos no capítulo “Análises biogeográficas exploratórias“.