A ocupação e uso do solo, desempenham um importante papel nos fenómenos das mudanças globais constituindo um importante fator que afeta a integridade dos ecossistemas terrestres e aquáticos. Muitas bacias hidrográficas de regiões Mediterrânicas e semi-áridas, caracterizadas durante séculos por sistemas de produção agrícola em extensivo de sequeiro, nas últimas décadas sofreram uma mudança bastante acelerada nos sistemas de produção agrícola devido à perspetiva de uma agricultura de regadio rentável. Apesar do crescente reconhecimento dos impactos dos sistemas agrícolas intensivos, tem-se assistido a um forte incentivo à produção dirigido à intensificação de diversas culturas. Os sistemas de produção agrícola intensivos são caracterizados por uma elevada densidade de plantas, rega sistemática e colheita mecanizada, com incorporação de grandes quantidades de energia e água à custa dos recursos naturais. Estes sistemas associados a um clima em alteração onde os eventos extremos se estão a tornar mais frequentes e mais intensos, têm impactos ambientais negatives fortes, particularmente na erosão do solo, escoamento para corpos de água, degradação de habitats e exploração e contaminação de recursos aquáticos escassos, bem como na degradação dos ecossistemas aquáticos e perda de biodiversidade. A degradação da água e do solo estão largamente associadas à poluição difusa a qual surge em amplas áreas, tais como campos agrícolas ao longo das bacias hidrográficas sobretudo devido à fertilização irracional, rega e uso de pesticidas. As bacias hidrográficas agroflorestais tendem a estar sujeitas a alterações mais disruptivas do uso da terra, devido a ações forçadoras a que esta está sujeita anualmente. Com efeito, em cada ano, mais terra arável é lavrada para culturas arvenses de sequeiro ou, as culturas são cortadas sazonalmente, gerando assim pousios, culturas em linha, rotação de prados ou pastagens. Estas práticas levam a alterações na infiltração, aumentam a erosão e o potencial de contaminação do escoamento. Como resultado, características do solo como o teor em material orgânica, carbono, textura, capacidade de armazenamento de água e fertilidade química, podem alterar-se dramaticamente e os rios enfrentam elevadas chegadas de sedimentos e fertilizantes (principalmente fosfatos e nitratos) com consequências na permeabilidade do substrato, na qualidade da água e na integridade do biota aquático. Este fenómeno é particularmente agravado em regiões com elevada variabilidade no regime de precipitação, onde as cheias alternadas com períodos de seca, promovem condições que levam ao aumento da erosão do solo e perda de nutrientes, particularmente em bacias hidrográficas com elevadas alterações no uso e ocupação do solo. Assim, o objetivo deste estudo consistiu em avaliar o efeito do uso e ocupação do solo em duas pequenas bacias hidrográficas do Sul de Portugal, relativamente à composição do solo, qualidade da água e integridade do biota aquático, especificamente através da fauna piscícola. Apesar de preliminar, este estudo ilustra a relação entre os usos de solo e a integridade dos recursos naturais associados. O impacto dos agro-sistemas resulta do seu grau de intensificação mas também de múltiplas outras pressões a eles associadas, as quais individualmente ou em conjunto afetam o serviço dos ecossistemas de suporte às atividades humanas e à conservação da biodiversidade. Nesta perspetiva é importante que o ordenamento e gestão das bacias hidrográficas integrem uma visão de compromisso entre os usos de solo associados à intensificação dos sistemas agrícolas e a conservação dos recursos naturais e ecossistemas associados, por forma a promover o desenvolvimento sustentável da agricultura.