La transición a la etapa secundaria y a la formación prelaboral pueden constituir procesos especialmente complejos para los alumnos con necesidades educativas especiales. Los cambios de etapa y la aproximación del fin de la escolaridad obligatoria, suponen momentos muy delicados que suelen generar desconcierto y ansiedad, tanto en el alumno como en su familia. Desde el ámbito de la Pedagogía Hospitalaria, desde hace ya unos años, hemos tenido la ocasión de observar estos hechos, en pacientes con trastornos del neurodesarrollo, y la oportunidad de reflexionar sobre ello. Esto nos ha conducido a la necesidad de contar con medidas de intervención educativa dirigidas a favorecer estos procesos de transición. Tomando este planteamiento como punto de partida, la presente investigación se centra en analizar la problemática y las implicaciones que pueden suponer, para los alumnos que presentan necesidades de apoyo educativo y sus familias, los cambios de etapa y el salto a la formación para su futura inclusión sociolaboral. Así, partiendo de la identificación de las principales necesidades, el objetivo es elaborar pautas y protocolos de actuación para acompañar a estos alumnos en su proceso de orientación vocacional. Este trabajo recoge algunos de los primeros resultados obtenidos tras la aplicación piloto de los protocolos en doce casos derivados de la consulta de Neurología Pediátrica de la Clínica Universidad de Navarra.