Las cianobacterias, los únicos procariotas que realizan fotosíntesis oxigénica, tienen un gran potencial biotecnológico. Synechococcus elongatus es uno de los sistemas modelo de referencia en la investigación de procesos como el control del ritmo circadiano, la división celular o la regulación por nitrógeno. En el contexto del análisis genético de Synechococcus, la manipulación genética implica estrategias ya establecidas que implican un tiempo considerable para la obtención de estirpes mutantes. Muy recientemente se ha empezado a implementar la herramienta (sistema) CRISPR/Cas9 para la modificación de cepas de Synechococus, el cual puede acelerar el proceso de obtención de estirpes e incrementar la precisión de la modificación. En este trabajo se describirán los sistemas de edición genómica en Synechococcus con especial interés del sistema CRISPR del cual se propondrá una estrategia virtual para la modificación genética de Synechococcus elongatus.