Rabies hos flaggermus er utbredt over store deler av verden og er også registrert i mange områder i Europa. Fjorten av Europas rundt 40 arter er rapportert å ha vært eksponert for rabiesvirus enten ved påvisning av viruset eller ved funn av antistoffer i blod. Rabiesvirus som forekommer hos flaggermus i Europa kalles European Bat Lyssavirus (EBLV) og finnes i to varianter, EBLV1 og EBLV2 (også kalt Lyssavirus genotype 5 og 6). I perioden 1977-2000 ble det rapportert totalt 630 tilfeller av rabies hos flaggermus i Europa, hovedsakelig lokalisert i Danmark, Nederland og Nordvest-Tyskland, og smitte fra flaggermus har siden 1977 forårsaket tre eller fire menneskers død i Europa. Rabies hos flaggermus i Europa synes å skille seg fra rabies hos flaggermus i Amerika, der det klassiske rabiesviruset (genotype 1) sirkulerer hos ulike flaggermusarter og hvor smitteoverføring til andre dyrearter og mennesker skjer mer frekvent. Det er ingen bevis for at EBLV har tilpasset seg til nye verter, og det er kun rapportert om enkeltstående tilfeller av smitte til andre dyrearter. Derimot skjer antagelig smitte mellom forskjellige flaggermusarter relativt ofte, og det er også nylig oppdaget nye lyssavirusvarianter hos flaggermus i Russland. Ved undersøkelser av flaggermuskolonier over lengre tid har det vist seg at viruset kan være svært utbredt i kolonier i perioder, men kun forårsaker mild, ikkedødelig sykdom. Overvåkingen av rabies hos flaggermus i Europa har vært foretatt kun i et begrenset omfang. Flaggermus er en sårbar dyregruppe som er fredet i de fleste europeiske land. En rekke arter er truet og står oppført på nasjonale og internasjonale rødlister. Ved å slutte seg til Den europeiske flaggermusavtalen (EUROBATS) har dessuten mange land (blant annet Norge) forpliktet seg til å ta særlige hensyn til flaggermus i sin forvaltning. Det er derfor nødvendig å ta spesielle hensyn ved innsamling av prøvemateriale. Testmetoder som har vært utprøvd i Spania og i Storbritannia har vist at overvåking av flaggermuskolonier er mulig uten å skade dyrene, og dette har åpnet for muligheten for en mer omfattende screening av flaggermuspopulasjoner. Selv om det verken i Norge (fastlandet) eller Sverige er registrert rabiestilfeller de siste hundre år, kan rabies hos flaggermus finnes uoppdaget, slik det inntil nylig var i Storbritannia. Et lite antall flaggermus har vært undersøkt i Norge uten funn av viruset. I Sverige er antall undersøkte dyr noe høyere, men heller ikke her er viruset påvist. Det finnes lite informasjon om trekkrutene til de flaggermusartene vi har i Norge. I Europa trekker noen arter i en nordøstlig til sørvestlig retning mellom faste sommer- og vintertilholdssteder. Langs trekkrutene deler ofte ulike arter hvileplasser og har sosial kontakt. Kolonidannelse vil i noen tilfeller kunne virke forsterkende på spredningen av viruset på grunn av høy sosial kontakt og høy tetthet. Enkelte studier har vist at flaggermus kan skille ut virus i spytt uten å vise tegn på klinisk sykdom. Dette kan vanskeliggjøre oppdagelsen av EBLV. På grunn av den forventede klimaforandringen de neste hundre år er det sannsynlig at den nordlige utbredelsen av noen flaggermusarter vil forandres. Sannsynligheten for at flaggermusarter som vanligvis oppholder seg lengre sør vil spre seg nordover er høy, noe som kan øke sjansen for spredning av rabies til Norge.