Bij de productie van drinkwater uit oppervlaktewater kunnen algen problemen opleveren. Cyanobacterien kunnen geur- en smaakstoffen en toxines produceren en dringen soms door tot in het halffabrikaat of eindproduct. Kolonievormende kiezel- en groenwieren kunnen van zandfilters verstoppen. Deze problemen treden soms op bij de zuivering van Maaswater. Een aantal potentiele probleemalgensoorten komt voor in de Maas, zoals ketenvormende kiezelwieren die van nature voorkomen, en groen- en blauwwieren die toenemen in geeutrofieerde en gestuwde rivieren, zoals de Maas. Trendanalyse van de soortensamenstelling sinds de jaren '50 wijst op een langzame toename van groen- en blauwwieren. Over de laatste acht jaar is geen duidelijke trend te zien, op enkele extreme cyanobacteriebloeien door warme zomers na. Wel zijn er effecten gevonden van de waterkwaliteit en de hydrologische toestand op de soortensamenstelling van het fyto- en zooplankton in de Maas. In wateren die gevoed worden met Maaswater, zoals de Andelse Maas en de spaarbekkens in de Biesbosch, is het aantal potentiele probleemsoorten veel hoger. Dit wordt hoogst waarschijnlijk veroorzaakt door het stagnerende karakter van het water in die bekkens. Aangezien bijna alle innamepunten van waterleidingbedrijven in dergelijke wateren liggen, is het fytoplankton in die wateren een punt van aandacht.