L’orge (Hordeum vulgare subsp. vulgare) est une céréale importante cultivée dans le monde entier et est utilisée pour la production de malt ainsi que pour l'alimentation animale . L’orge sauvage (Hordeum vulgare subsp. spontaneum), l’espèce progénitrice de l'orge cultivé, est une source riche de variation génétique, qui peut être utilisé pour l'amélioration des cultivars . Divers marqueurs génétiques moléculaires sont disponibles pour étudier la variabilité et la diversité génétique des plantes . Nous avons utilisé deux types de marqueurs différents - microsatellites SSR génomiques (gSSR) et les marqueurs de séquence exprimée SSR (EST- SSR) - afin d'évaluer et de comparer la diversité génétique entre le matériel génétique de l'orge sauvage et cultivé obtenus de la banque de matériels phytogénétique de RPC, Saskatoon. Un total de 48 génomique (gSSR) et 16 EST-SSR ont été appliquées sur 27 accessions sauvage et 20 accessions d'orges cultivés. Basé sur les résultats, les SSR génomiques (gSSR) ont été plus informatifs que les EST - SSR. De plus, l'orge sauvage possédaient une plus grande diversité génétique que celle de l'orge cultivée. Diverses allèles spécifiques à l’espèce ont été trouvées en plus grand nombre dans d'orge sauvage. Aussi, afin de développer de nouveaux outils génomique pour la capture des gènes dans l'orge sauvage, les transposons endogènes et exogènes ont été exploré dans celui-ci. Les transposons de types Mu (mules) ont été trouvés présent endogèniquement dans certains traits domestiques importants et le système de transposons Ac/Ds a été introduit par la procédure d'hybridation conventionnelle dans l'orge sauvage, de manière à utiliser ces éléments mobiles comme outils de génomique fonctionnelle. De plus, les marqueurs de base transposons ont également été utilisés pour évaluer la diversité génétique entre l'orge sauvage et cultivé. Tous ces efforts de caractérisation moléculaire du génome de l'orge sauvage aideront à améliorer les espèces modernes de l'orge cultivés par l’introgression de gènes utiles d'espèces d'orge sauvages dans l'orge cultivée.

Barley (Hordeum vulgare subsp. vulgare) is an important cereal crop grown worldwide for producing malt and is used as animal feed. Wild barley (Hordeum vulgare subsp. spontaneum), the progenitor species of cultivated barley, is a rich source of genetic variation, which can be utilized for the improvement of cultivars. Various molecular markers are available to study genetic variability and diversity in plants. We used two different types of SSR or microsatellite markers- genomic SSRs (gSSR) and expressed sequence tag SSR (EST-SSR) markers, to assess and compare the genetic diversity between the wild and cultivated barley germplasm obtained from PGRC genebank, Saskatoon. A total of 48 genomic (gSSR) and 16 EST-SSRs were applied on 27 wild and 20 cultivated barley accessions. Based on the results, genomic (SSRs) were more informative than EST-SSRs and wild barley possessed more genetic diversity as compared to cultivated barley. Various species specific alleles were found to be higher in number in wild barley. Also, both endogenous and exogenous transposons were explored, so as to develop novel gene capturing tools in wild barley genome. In this, Mu like (MULEs) transposons were found to be endogenously present in certain important domesticated traits and Ac/Ds transposons system was introduced through conventional hybridization procedure into the wild barley germplasm, so as to utilize these mobile elements as functional genomics tools. In addition, transposons based markers were also employed to assess genetic diversity between wild and cultivated barley. All these efforts of molecular characterization of wild barley's genome will aid in the improvement of modern cultivated barley species by ultimately introgressing useful genes from wild barley species into cultivated barley.

Singh, Jaswinder (Internal/Supervisor)