El cambio global y la crisis climática son consecuencia de una inadecuada integración de las actividades humanas en los ecosistemas. Una manera de reducir este impacto es incorporar la biodiversidad y sus servicios en la gestión de los ecosistemas humanizados y para ello necesitamos conocer las especies que realizan servicios ecosistémicos clave y las características de estos servicios. En este artículo analizamos cómo el fototrampeo combinado con técnicas de seguimiento con emisores permite caracterizar funciones y servicios de la avifauna. Sintetizamos e integramos trabajos realizados por nuestro equipo de investigación con estas técnicas y presentamos resultados inéditos sobre dos importantes servicios: la dispersión de semillas grandes y la regulación de plagas. Los tres objetivos son: analizar (1) la eficacia del fototrampeo, combinado con técnicas de seguimiento con emisores, para identificar la avifauna responsable del servicio y caracterizarlo; (2) la interferencia del fototrampeo en el comportamiento de la avifauna; y (3) los problemas técnicos de las cámaras. Las técnicas de fototrampeo fueron clave para estudiar servicios ecosistémicos suministrados por la avifauna. Permitieron caracterizar y cuantificar aspectos fundamentales que difícilmente podrían obtenerse con otras técnicas. El fototrampeo pudo combinarse con técnicas de seguimiento con emisores de radiofrecuencia y de satélite, generando sinergias que permitieron mejorar los resultados. Sin embargo, sin las medidas adecuadas, los fallos técnicos y las interferencias en el comportamiento de las aves diana pueden limitar el alcance de las investigaciones y afectar negativamente a las especies estudiadas. El uso combinado del fototrampeo y del seguimiento con emisores constituye una metodología de enorme potencial para el conocimiento ecológico.