Uno de los principales objetivos de la terapia endodóntica es eliminar y prevenir la infección en los conductos radiculares y tejidos perirradiculares; sin embargo, los materiales de obturación como los conos de gutapercha pueden introducir microorganismos incluso al ser tomados de empaques recién abiertos, lo que compromete el éxito del tratamiento. El presente estudio tuvo como finalidad determinar la efectividad de diferentes agentes antimicrobianos en la desinfección de estos conos. Se desarrolló un estudio cuantitativo, transversal, experimental y descriptivo con 45 conos seleccionados por conveniencia. Inicialmente, cada cono fue cultivado en caldo Thioglicolato durante 21 días para evaluar contaminación previa y posteriormente se dividieron en tres grupos, exponiéndolos durante tres minutos a hipoclorito de sodio al 5,25%, clorhexidina al 2% y agua de superoxidación. Tras el tratamiento, se cultivaron en Agar Miller Hilton para verificar crecimiento bacteriano. Los resultados mostraron que la clorhexidina al 2% y el agua de superoxidación alcanzaron una eficacia antimicrobiana del 100%, mientras que el hipoclorito de sodio presentó un 98,73%, con cuatro casos de crecimiento bacteriano entre 45 muestras. El análisis estadístico con Chi-cuadrado evidenció diferencias significativas (χ² = 8,034; p = 0,018), aunque el tamaño del efecto fue pequeño. En conclusión, la clorhexidina y el agua de superoxidación son los agentes más eficaces y seguros para desinfectar conos de gutapercha.