Em dois fragmentos florestais da Floresta Estacional Decidual (FED) do Alto-Uruguai, SC, foram aplicados os métodos de parcelas (MP) e de pontos-quadrantes (MQ) visando a comparar os métodos amostrais e caracterizar a riqueza florística e composição estrutural. Foram inventariadas 91 espécies, sendo que 52 foram encontradas no sub-bosque (sem valor madeireiro), com destaque para Sorocea bonplandii, Gymnanthes concolor e Trichilia claussenii. As outras 39 espécies emergentes no dossel florestal são de uso madeireiro, sendo as mais abundantes Apuleia leiocarpa, Nectandra megapotamica, Cabralea canjerana e Holocalyx balansae. As espécies de maior densidade e área basal foram praticamente as mesmas em ambos os fragmentos florestais, independente do método usado. O MP detectou uma maior diversidade de espécies e uma maior densidade de plantas por área comparativamente ao MQ, embora ambos os métodos detectassem espécies diferentes. Todavia, o uso simultâneo dos dois métodos possibilitou em uma maior cobertura da diversidade de espécies nas duas áreas, com redução no tempo para o inventário. Em ambos os métodos, detectaram-se erros amostrais acima do esperado e quanto menores os valores do erro amostral, maior foi a similaridade dos resultados das avaliações entre os métodos. Paradoxalmente a riqueza de espécies presentes na FED contrasta com o pequeno número de fragmentos que restaram neste ecossistema. Importante ressaltar que esses fragmentos são as últimas fontes de sementes para a recolonização de áreas abandonadas ou degradadas, como também para conservação e uso em programas de melhoramento genético de essências florestais nativas e banco de sementes in situ.